ウイルスの分類上は「エンベロープを持つ、 マイナス鎖の一本鎖RNAウイルス」 として分類されるオルトミクソウイルス科に属する、 A型インフルエンザウイルス(influenzavirus A)、 B型インフルエンザウイルス(- B)、 C型インフルエンザウイルス(- C)の3属を指す。ただし一般に 「インフルエンザウイルス」と呼ぶ場合は、特にA型、B型のものを指し、 その中でもさらにヒトに感染するものを意味する場合が多い。

本来はカモなどの水鳥を自然宿主として、その腸内に感染する弱毒性のウイルスであったものが、 突然変異によってヒトの呼吸器への感染性を獲得したと考えられている。中でも1918年に世界的な流行を起こしたスペインかぜ （H1N1亜型のA型インフルエンザ）では4000-5000万人の死者を出した。その後、1957年（アジアかぜ、 H2N2亜型）と1968年（香港かぜ、H3N2亜型）に大きな変異を起こして世界的大流行が発生、 また1977年にはスペインかぜと同じH1N1亜型のソ連かぜが流行を起こした。 その後も新型インフルエンザウイルスが出現することが予測されており、世界的規模で警戒しつづけられている。 また一部のインフルエンザウイルスは、ニワトリなどの家禽類に感染して、致死的な伝染病であるトリインフルエンザ （家禽ペスト）を起こすため、養鶏産業にも大きな被害を与える。 インフルエンザウイルスに対する治療薬やワクチンも開発されているが、変異のしやすさやひとたび流行したときの被害の大きさから、 医学上もっとも重要視されているウイルスの一つである。